L’alimentation est au cœur de nos vies, mais aussi de notre impact sur la biodiversité. Derrière chaque produit qui compose nos repas, des choix agricoles, industriels et de consommation influencent directement la santé des écosystèmes. Monoculture, pesticides, déforestation, surpêche… autant de pratiques qui façonnent notre environnement et compromettent la richesse du vivant. Pourtant, il est possible de repenser notre modèle alimentaire pour concilier besoins humains et préservation de la nature. Cet article explore les liens entre agriculture, biodiversité et santé, et propose quelques pistes pour un avenir plus durable.
Retrouvez des pistes d’actions concrètes dans notre article complémentaire : Comment agir pour protéger la biodiversité à travers notre alimentation ?
I. Agriculture et biodiversité : un équilibre fragile
Quel que soit le milieu étudié, quatre facteurs majeurs sont aujourd’hui identifiés comme responsables du déclin de la biodiversité :
La fragmentation ou la modification des aires marines et terrestres
L’exploitation directe des êtres vivants
Le changement climatique
La pollution
Même si son impact reste parfois invisible à première vue, l’agriculture est au cœur de ces bouleversements.
A. L'agriculture intensive : une menace majeure pour les écosystèmes
A l'échelle mondiale
L'agriculture intensive grignote les espaces naturels : forêts, zones humides, prairies… Chaque hectare conquis, c'est une perte irrémédiable de biodiversité.
En voici des exemples marquants :
Les forêts mondiales : couvrant seulement 31% des terres émergées, elles jouent pourtant un rôle crucial dans la préservation de la biodiversité. Elles abritent 80% des espèces terrestres et près des deux tiers de la faune et de la flore hors milieu marin (CNRS Le Journal, 2024).
Entre 1990 et 2020, la déforestation a entraîné la disparition de 420 millions d'hectares de forêts, selon l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FDAP, 2024). Cette perte colossale équivaut à la superficie totale de l’Union européenne, témoignant de l’ampleur alarmante du phénomène et de ses conséquences, notamment sur la biodiversité.
Le soja et l’élevage (Amérique du Sud) : environ 77% de la production mondiale de soja est destiné à l’alimentation animale, contribuant à la déforestation massive de l’Amazonie, du Cerrado brésilien et du Gran Chaco argentin (MTC, 2022). En 20 ans, le Brésil a perdu plus de 90 millions d’hectares de forêts au profit de l’agriculture, soit 1,6 fois la superficie de la France métropolitaine (FDAP, 2024).
L’huile de palme : en Indonésie et en Malaisie, l’expansion des plantations de palmiers à huile entraîne la disparition de nombreuses espèces, dont les emblématiques orang-outan et le tigre de Sumatra (Greenpeace, 2016).
L’assèchement des zones humides : en Europe et aux Etats-Unis, ces milieux riches en biodiversité ont été drainés au profit des cultures céréalières et industrielles, mettant en péril les oiseaux migrateurs et les amphibiens, fortement dépendants de ces milieux. (Convention Ramsar, 2021)
Pollinisation manuelle : l’utilisation massive de pesticides, notamment les néonicotinoïdes, a entraîné un déclin alarmant des abeilles et autres insectes pollinisateurs (Le Monde, 2019). Certaines régions, comme certaines zones de Chine, doivent désormais pratiquer une pollinisation manuelle pour compenser ces pertes (Le Monde, 2014)
En France métropolitaine
L’agriculture occupant 52% du territoire (Solagro, 2023), elle a par conséquent un impact direct sur les écosystèmes terrestres.
Historiquement, son développement a profondément remodelé le paysage :
Après la Seconde Guerre Mondiale, la France a souhaité moderniser son agriculture pour relancer son économie et limiter les importations agricoles.
Portée par la Politique Agricole Commune (PAC) et les lois d’orientation agricoles, cette modernisation a entraîné une intensification rapide des pratiques agricoles dès les années 1960 (ARBCV, 2021).
La mécanisation et le remembrement ont nécessité l’agrandissement des exploitations, conduisant au regroupement parcellaire, à l’arrachage des haies, à la destruction des bosquets et le drainage des terres humides, réduisant ainsi les habitats naturels.
L’uniformisation des paysages a remplacé des mosaïques agricoles diversifiées par des monocultures, appauvrissant la faune et la flore locales.
Quelques chiffres :
Une étude réalisée en Allemagne entre 1989 et 2016 a mis en évidence un déclin de 76 % des insectes volants dans les paysages agricoles en l’espace de 27 ans (Hallmann et al., 2017).
Ces chiffres sont représentatifs d’une tendance alarmante : la disparition progressive des insectes pollinisateurs et de nombreuses espèces dépendantes des milieux agricoles.
B. Exploitation directe du vivant : les enjeux d'une pêche durable
L’exploitation des ressources marines est aujourd’hui la principale cause de l’érosion de la biodiversité océanique.
A elle seule, la pêche industrielle exploite plus de 55% des océans mondiaux (IPBES, 2019). 34,2% des stocks halieutiques mondiaux sont aujourd’hui surexploités (cf zone orange ci-dessous) mettant en péril de nombreuses espèces (FAO, 2020).
Des pratiques de pêche destructrices :
Surpêche : certaines espèces, comme le thon rouge ou la morue, sont surexploités, menaçant leur survie à long terme.
Captures « accidentelles » : les filets dérivants et les chaluts capturent non seulement des poissons, mais aussi des espèces protégées comme les dauphins, tortues marines et oiseaux marins
Pêche de fond : cette pratique détruit les écosystèmes sous-marins en raclant les fonds océaniques, perturbant des habitats millénaires.
Toujours après la Seconde Guerre mondiale, les États financent la reconstruction des flottes de pêche, accélérant la surexploitation des océans. À l’époque, on croit encore à un océan inépuisable. Mais dès les années 60, la surpêche devient évidente.
Aujourd’hui, alors que la vaste majorité des navires de pêche fait moins de 12m de long et possède un moteur de moins de 100 kW, les 100 plus gros navires (soit 0,1% de la flotte) ont une puissance moteur équivalente à 60% de la flotte européenne ! (Bloom, 2021)
C. L'impact climatique de l'agriculture
Le dérèglement climatique accélère l’effondrement de la biodiversité, en modifiant les conditions de vie des espèces et en les forçant à s’adapter ou migrer, ce que toutes ne peuvent pas faire.
Les forêts, après les océans, sont les principaux puits de carbone, stockant 20 à 50 fois plus de CO₂ que tout autre écosystème. Les forêts tropicales, en particulier, jouent un rôle clé en absorbant 50% de carbone de plus que les autres surfaces boisées (WWF, 2012).
Pourtant, la destruction des forêts représente une menace majeure pour le climat. La destruction et la dégradation des forêts génèrent 15 à 17% des émissions de CO2 mondiales (All4trees, 2022). En libérant le carbone stocké dans la biomasse et les sols forestiers, la déforestation accélère le réchauffement climatique, tout en réduisant les capacités de séquestration du carbone. Ce phénomène alimente ainsi un cercle vicieux : le climat se réchauffe, augmentant la fréquence des sécheresses et des incendies, qui détruisent encore plus de forêts et libèrent encore plus de CO₂.
Les activités humaines, et en particulier notre système alimentaire mondial, sont les principales origines de cette destruction. Depuis les années 2000, 57% de la déforestation mondiale est liée à l’exploitation de sept matières premières alimentaires : huile de palme, soja, bœuf, bois, cacao, café et caoutchouc (Forest Declaration Assessment, 2024).
Pour en savoir plus sur les causes de déforestation par zone du globe terrestre, je vous invite à explorer l'incroyable carte interactive réalisée par Global Forest Watch :
En France métropolitaine
Avec 20% des émissions de gaz à effet de serre, l’agriculture est le deuxième secteur le plus polluant en France.
On remarque ainsi, contrairement à d’autres secteurs de l’économie, que la grande majorité des émissions des GES agricoles (>85%) sont directement liées au vivant, notamment :
Le méthane (CH₄), issu de la digestion des ruminants (fermentation entérique) et de la gestion des déjections animales.
Le protoxyde d’azote (N₂O), une conséquence de l’utilisation excessive d’engrais azotés et du travail du sol.
L’enjeux principal n’est donc pas la décarbonation au sens strict du terme mais l’adoption de pratiques agricoles plus durables : moins d’élevages intensifs de ruminants, plus d’agriculture agroécologique et de cultures adaptées aux conditions locales.
Préserver la biodiversité passe aussi par une transformation profonde de notre système agricole (Solagro, scénario Afterres2050, 2023)
D. Dégradation des sols : entre érosion, pollution et dépendance aux intrants chimiques
Une fois un sol défriché, il est immédiatement soumis à l’érosion par la pluie et le vent. L’agriculture intensive, en particulier le labour profond et l’usage massif d’intrants chimiques, détruit les écosystèmes souterrains, fragilisant encore davantage ces sols et compromettant leur fertilité naturelle.
Un cercle vicieux entre agriculture intensive et destruction des sols :
Erosion accélérée : La suppression des haies et des couverts végétaux, combinée au labour intensif, entraîne une disparition rapide des sols fertiles.
Dépendance aux intrants chimiques : Engrais azotés et pesticides ont remplacé les processus naturels de fertilisation, détruisant au passage des millions de micro-organismes essentiels à la santé des sols (bactéries, champignons, vers de terre).
Pollution généralisée des eaux : En France, presque toutes les eaux souterraines contiennent des résidus de pesticides. En 2021, 11 millions de Français étaient alimentés par une eau non conforme aux normes sanitaires (Solagro, 2023)
E. L'impact des pesticides sur la biodiversité
Les pesticides ne ciblent pas que les « nuisibles » : ils déciment aussi nos alliés.
Résultat ? Moins d’abeilles pour polliniser, moins d’oiseaux pour réguler les insectes, et des sols de plus en plus pauvres. En clair, la nature s’effondre, et avec elle, notre capacité à produire durablement.
Pour préserver la biodiversité, il est crucial d’encourager des pratiques agricoles respectueuses des sols et de l’environnement, notamment via l’agriculture biologique, la réduction des intrants et la réintroduction de la diversité végétale dans les cultures.
Une métanalyse montre ci-dessous les effets des pesticides aux différents niveaux d’organisation biologique. Ce schéma interpelle sur l’ampleur de l’impact des pesticides, qui semblent toucher l’ensemble des écosystèmes.
II. Standardisation alimentaire : la biodiversité disparaît aussi de nos assiettes
A. Monoculture et réduction de la diversité dans le système alimentaire
Depuis des millénaires, l’humanité a domestiqué et cultivé une grande diversité d’espèces végétales. Cependant, cette diversité s’est fortement réduite à plusieurs niveaux :
Moins d’espèces végétales sont aujourd’hui cultivées,
La diversité génétique au sein des espèces a diminué,
Les variétés traditionnelles ont été remplacées par des cultivars génétiquement homogènes (clones, lignées pures, hybrides F1).
Sur des milliers d’espèces comestibles, nous nous nourrissons principalement d’une poignée de plantes et d’animaux. Imaginez un orchestre avec seulement trois instruments : c’est exactement ce que nous faisons à notre alimentation
Ce phénomène, appelé « érosion de la diversité génétique cultivée », a été identifié dès les années 1960 par les scientifiques qui ont alerté les institutions sur ses dangers (Chable et al. 2020).
Quelques chiffres frappants :
Pourquoi s’inquiéter de la disparition des variétés anciennes ? Parce qu’une agriculture trop uniforme, c’est comme une armée sans défense face aux maladies et au climat.
Cette uniformisation entraîne un risque accru pour l’agriculture mondiale. Une trop grande homogénéité génétique rend les cultures plus vulnérables aux maladies et au changement climatique.
Exemples :
La famine irlandaise du XIXᵒ siècle, causée par la dépendance à une seule variété de pomme de terre (Pócs, T., 2010).
La maladie de Panama, causée par un champignon, a décimé les plantations de bananes au début du XXᵉ siècle, notamment la variété "Gros Michel", largement cultivée à l'époque. Cette variété, étant clonée et génétiquement identique, était particulièrement vulnérable à la maladie (Ploetz, R. C., 2015)
Ainsi, préserver la biodiversité agricole est essentiel pour garantir notre sécurité alimentaire future.
B. L'industrialisation de l'alimentation : un danger invisible pour la santé
Les avancées scientifiques récentes ont renforcé notre compréhension du lien entre la biodiversité agricole et la santé humaine. Deux constats majeurs émergent (Chable et al., 2020) :
La diversité microbiologique des sols influence directement la santé des plantes.
La biodiversité de notre alimentation joue un rôle clé dans la diversité du microbiote intestinal, qui est essentiel à notre bien-être.
Le microbiote, un écosystème fragile
Ces microbes ne se trouvent pas uniquement dans l’intestin : ils peuplent aussi le nez, la bouche, le vagin, les poumons et la peau (ARTE - 42 - La réponse à presque tout, 2025).
Un appauvrissement inquiétant du microbiote humain
Réalisées en 2014 et en 2017, des études comparant les microbiotes de populations indigènes (peuple tanzanien Hadza) et de citadins montrent des écarts considérables, d'un ratio 2 à 3 :
Les analyses de tartre dentaire et d’excréments fossilisés préhistoriques révèlent une diversité bactérienne similaire à celle des populations indigènes actuelles. Ces résultats suggèrent que l’urbanisation et l’industrialisation alimentaire ont contribué à un appauvrissement progressif du microbiote humain (ARTE - 42 - La réponse à presque tout, 2025)
Quand la nature façonne notre immunité : une étude en conditions réelles
Une étude finlandaise (Roslund et al, 2020) (ARTE - 42 - La réponse à presque tout, 2025) a testé l’impact de l’environnement sur l’immunité des enfants :
Résultats du groupe d'enfants jouant dans le milieu "nature" :
Des conséquences sur la santé humaine
La diminution de la diversité du microbiote est aujourd’hui associée à plusieurs maladies chroniques :
Allergies : Un microbiote déséquilibré peut favoriser des réponses immunitaires excessives, augmentant le risque d’allergies alimentaires, respiratoires ou cutanées (Le Monde, 2024).
Obésité et troubles métaboliques : Une flore intestinale moins diversifiée est liée à une mauvaise régulation du métabolisme et à une prise de poids accrue (Fondation pour la recherche sur la biodiversité, 2018).
Maladies inflammatoires et auto-immunes : Un microbiote appauvri est impliqué dans des pathologies comme la maladie de Crohn (Sartor et al., 2017), la polyarthrite rhumatoïde ou encore le diabète de type 1.
Troubles mentaux et neurologiques : Le microbiote joue un rôle clé dans la connexion intestin-cerveau. Un déséquilibre est associé à des pathologies comme la dépression, l’anxiété ou certaines maladies neurodégénératives (Foster et al., 2013).
Les transformations que nous imposons à notre planète ont un impact direct sur notre propre santé. Être en contact avec un environnement riche en biodiversité aide le corps à mieux se défendre et à mieux tolérer son environnement. Préserver la biodiversité de notre alimentation, c’est aussi préserver notre propre équilibre biologique.
Conclusion
L’étude des découvertes archéologiques du Néolithique suggère de plus en plus que l’agriculture n’aurait pas émergé par nécessité, mais comme le fruit d’une profonde transformation des mentalités (Stordeur D, 2004). Bien avant de cultiver la terre, l’homme s’était déjà sédentarisé, prouvant que l’agriculture n’était pas indispensable à sa survie (Mazoyer M, 2004). Ce tournant correspond plutôt à une mutation de son rapport au monde : il cesse de se percevoir comme une partie intégrante de la nature pour en devenir le maître. Cultiver, élever, sélectionner, organiser les espèces : ces gestes marquent le début d’une volonté de contrôle du vivant, et avec elle, l’émergence d’une vision réduite et réductionniste de la nature, perçue non plus comme un tout interdépendant, mais comme une ressource à façonner selon ses besoins.
Cette rupture conceptuelle a façonné l’histoire. L’intensification agricole et halieutique du XXe siècle n’est finalement que l’aboutissement logique de cette volonté ancestrale de domination du vivant. Pourtant, les limites de ce modèle sont aujourd’hui criantes : déclin massif de la biodiversité, sols épuisés, océans vidés, déséquilibres climatiques… L’homme n’a jamais autant contrôlé la nature, et pourtant, jamais elle ne lui a paru aussi fragile.
Repenser notre agriculture et notre alimentation, ce n’est pas seulement adopter des pratiques plus durables : c’est interroger en profondeur notre rapport au vivant. Pouvons-nous dépasser cette logique de domination pour renouer avec une vision plus humble et respectueuse du monde qui nous entoure ? Il ne s’agit pas seulement de préserver la biodiversité, mais de réapprendre à faire partie d’elle.
Retrouvez des pistes d’actions concrètes dans notre article complémentaire : Comment agir pour protéger la biodiversité à travers notre alimentation ?
Bibliographie
Livres & Publications
Chable, V., & Chapelle, G. (2020). La Graine de mon assiette : De l'origine de l'agriculture et de ses semences à une invitation à changer le monde. Éditions Apogée.
Haut Conseil pour le Climat (HCC) (2024). Tenir le cap de la décarbonation, protéger la population : Résumé du rapport annuel du Haut conseil pour le climat – Version grand public. Haut Conseil pour le Climat. Disponible sur https://www.hautconseilclimat.fr
IPBES. (2019). Résumé à l’intention des décideurs du rapport de l’évaluation mondiale de l’IPBES de la biodiversité et des services écosystémiques. Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES). https://www.ipbes.net
Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO).
Forest Declaration Assessment Partners (FDAP). (2024). Forests under fire: Tracking progress on 2030 forest goals. Climate Focus (coordinateur et éditeur). Accessible à https://forestdeclaration.org/wp-content/uploads/2024/10/2024ForestDeclarationAssessment.pdf
Foster, J. A., & McVey Neufeld, K. A. (2013). Gut–brain axis: how the microbiome influences anxiety and depression. Trends in Neurosciences, 36(5), 305-312.
Léraud, I., & Van Hove, P. (2024). Champs de bataille, l’histoire enfouie du remembrement. Editions La Revue Dessinée – Delcourt.
Roslund, M. I., Puhakka, R., Grönroos, M., Nurminen, N., Oikarinen, S., Gazali, A. M., ... & Sinkkonen, A. (2020). Biodiversity intervention enhances immune regulation and health-associated commensal microbiota among daycare children. Science Advances, 6(42), eaba2578.
Sartor, R. B., & Wu, G. D. (2017). Roles for intestinal bacteria, viruses, and fungi in pathogenesis of inflammatory bowel diseases and therapeutic approaches. Gastroenterology, 152(2), 327-339.
SDES & OFB. (2020). Eau et milieux aquatiques - Les chiffres clés - Édition 2020. Service des données et études statistiques (SDES) et Office français de la biodiversité (OFB). https://ree.developpement-durable.gouv.fr/
Vidéos
ARTE - 42 - La réponse à presque tout (2025, 14 février). Notre microbiote nous domine-t-il ? [Vidéo]. YouTube. https://www.youtube.com/watch?v=onLLxzAJhFk
Mazoyer, M. (2004). Les débuts de l'agriculture au néolithique [Vidéo]. YouTube. https://www.youtube.com/watch?v=xxqNR42xMsQ publié le 4 août 2023 par La Cité des Sciences et de l’Industrie
Solagro, Osez L’agroécologie (2023, 24 novembre). Découvrez "Le Scénario Afterres2050 en Trois Actes" – Conférencede Sylvain Doublet, Responsable de l'activité Bioressources et Prospective à Solagro et co-scénariste d'Afterres2050 [Vidéo]. YouTube. https://www.youtube.com/watch?v=koNNbLPaSts
Stordeur, D. (2004). Le Proche-Orient : berceau de l'agriculture ? [Vidéo]. YouTube. https://www.youtube.com/watch?v=6CCOX8JmHDg publié le 18 octobre 2021 par La Cité des Sciences et de l’Industrie
Sites internets, articles
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BLOOM (2021). La pêche durable. BLOOM Association, https://bloomassociation.org/je-m-informe/la-peche-durable/.
Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD), (2023). L’agroforesterie : un potentiel d’atténuation du changement climatique confirmé. Disponible sur : https://www.cirad.fr/espace-presse/communiques-de-presse/2023/agroforesterie-potentiel-d-attenuation-climatique
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